V priebehu prevádzky sa okrem už spomenutých misií hodnotiacich seizmicitu lokality Bohunice (kapitola 2.1.2) uskutočnili nasledovné misie hodnotiace bezpečnosť blokov V-2 v Bohuniciach:

• Misia MAAE na posúdenie bezpečnosti (Safety Review Mission) - 5. - 12. 9.1994. Cieľom misie bolo porovnať projekt elektrárne so súčasnými bezpečnostnými prístupmi a poskytnúť odporúčania, ktoré by mali pomôcť vedeniu elektrárne a dozornému orgánu rozhodnúť, ako dosiahnuť vyššiu úroveň bezpečnosti. Správa konštatovala, že elektráreň vyvinula značné úsilie na zlepšenie pôvodného projektu a dáva odporúčania a návrhy na ďalšie zlepšenie projektu. Zistené problémy boli v ďalšom kroku zo všetkých elektrární VVER-440/213 zhromaždené a zoradené podľa závažnosti do štyroch kategórií v materiály "Safety Issues and Their Ranking For WWER 440 Model 213 Nuclear Power Plants.
• Peer Review misia MAAE na hodnotenie štúdie PSA (Probabilistic Safety Assessment Level 1) blokov V-2 - 17. - 28. 1. 1995. Konštatovala, že ciele štúdie boli splnené, všetky relevantné iniciačné udalosti s vplyvom na bezpečnosť boli uvažované. Prakticky žiadne nedostatky v modelovaní neboli zistené. Z dôvodu širokého využitia špecifických údajov elektrárne a znalého personálu štúdia môže byť dobrým základom na jej ďalšie využitie v programoch elektrárne a národného dozoru.
• Misia MAAE na posúdenie bezpečnosti prevádzky (OSART) - 9. - 26. 9. 1996. Účelom misie bolo posúdenie prevádzkových postupov, výmena skúseností a znalostí medzi členmi misie a partnermi na elektrárni o tom, ako by sa mohol ďalej sledovať spoločný cieľ - vynikajúca úroveň bezpečnosti prevádzky. Skupina ponúkla návrhy na zvýšenie bezpečnosti prevádzky, ocenila oblasti s dobrým výkonom činností a identifikovala tiež oblasti hodnotené ako dobrá skúsenosť, ktoré sú odporúčané na realizáciu v iných elektrárňach - inštalácia a používanie moderných diagnostických systémov a teledozimetrického systému monitorovania radiačnej situácie vo vnútri a okolí elektrárne.
• Následná misia MAAE na posúdenie bezpečnosti prevádzky (OSART - Follow-up visit) - 2. - 6. 3. 1998. Jej cieľom bolo posúdiť aktivity elektrárne na riešenie prevádzkových bezpečnostných odporúčaní identifikovaných predchádzajúcou misiou. Tím expertov konštatoval vynikajúcu pripravenosť elektrárne na misiu, ohodnotil ochotu vedenia elektrárne zvažovať nové návrhy a uplatňovanie potrebných zmien ako pozitívny ukazovateľ ďalších zlepšení. Bolo vyhodnotené, že 49 % zo všetkých odporúčaní a návrhov z misie OSART 96 bolo vyriešených, v 49 % bol dosiahnutý uspokojivý pokrok a 2 % (jedno odporúčanie) bude riešené v blízkej budúcnosti.